Оказалось(!), что при введении убитых хламидий наивная (в научном смысле) иммунная система развивает тормозящий иммунный ответ (дескать, все уже сдохли, ничего не надо). Поэтому при инфицировании реальными хламидиями инфекция развивается чаще и протекает с большими осложнениями.
Кроме того, выяснилось, что при подкожном введении бактериальных антигенов обученные лимфоциты собираются в соответствующих региональных лимфоузлах, и ничем не помогают при инфекции слизистых.
Но новые, новые вакцины будут лишены всех недостатков (тяжелый, тяжелый сарказм).
http://www.theverge.com/2015/6/18/8806407/chlamydia-vaccine-mystery-1960s